Młody Mikołaj Kopernik nie miał daleko do swojej pierwszej szkoły. Jej budynek zlokalizowany był zaledwie kilkaset metrów od domu przyszłego astronoma, w sąsiedztwie staromiejskiej fary pw. św. Janów.
Szkoła parafialna istniała na terenie Starego Miasta Torunia od XIII w. Razem z domem proboszcza zajmowała narożnik w sąsiedztwie toruńskiej fary staromiejskiej, między ulicami Łazienną (nazywaną również Szkolną) i św. Jana. Jako instytucja była związana z Kościołem, ale zarząd nad nią od drugiej połowy XIV wieku spoczywał w rękach rady miejskiej, która powoływała kierujących placówką rektorów. Zdarzały się wśród nich wybitne osoby. Należał do nich Konrad Gesselen (ok. 1409-ok. 1469), który pozostawił po sobie rękopisy zawierające treści astronomiczne, zapewne wykorzystywane przez niego i jego następców w kształceniu uczniów toruńskiej szkoły. Jednym z kolejnych rektorów był Łukasz Watzenrode, późniejszy biskup warmiński i wuj Mikołaja Kopernika.
Uczniami szkoły parafialnej byli chłopcy z kupieckich i rzemieślniczych rodzin, którzy trafiali tu zazwyczaj w wieku siedmiu lat. Nauka mogła trwać nawet dekadę, zwłaszcza w przypadku tych uczniów, którzy planowali karierę w strukturach kościelnych, a do takich należał Mikołaj Kopernik. Na pierwszym etapie edukacji, trwającym zwykle trzy lata, uczono czytania i pisania po niemiecku, rachunków, śpiewu i podstaw języka łacińskiego. Później przechodzono na wyższy program. W jego ramach nauczano przede wszystkim łaciny, logiki i śpiewu. Historycy zakładają, że poziom kształcenia był zapewne wysoki, o czym świadczą zachowane informacje z XV i początku XVI wieku o blisko 300 absolwentach tej szkoły, którzy kontynuowali naukę na uniwersytetach.
Budynek szkoły, do której uczęszczał Kopernik, nie zachował się niestety do naszych czasów. W jego miejscu na przełomie XVII i XVIII wieku zbudowano obszerny gmach jezuickiego kolegium, który po wielu przekształceniach przetrwał do dzisiaj i częściowo służy – tak jak przed wiekami – celom edukacyjnym. Mieści się w nim Szkoła Policealna Medyczna im. Mikołaja Kopernika, Kujawsko-Pomorskie Centrum Kształcenia Zawodowego oraz biura Urzędu Marszałkowskiego Województwa Kujawsko-Pomorskiego. Wewnątrz budynku można zobaczyć pamiątkową tablicę z 1986 roku przypominającą o tym, że funkcjonowała tu szkoła, do której uczęszczał Kopernik.
Obrazy